Στους Παξούς μπορείτε να φτάσετε ακτοπλοϊκώς, ξεκινώντας από διάφορα σημεία. Από την Ηγουμενίτσα μπορείτε να φτάσετε με φέριμποτ, από την Πάργα και τα Σύβοτα με καΐκι και από την Κέρκυρα με φέριμποτ και θαλάσσιο ταξί. Το νησί συνδέεται επίσης με την Κέρκυρα με ιπτάμενα δελφίνια ή καταμαράν (τηλ. 26610 31649, 38690), αλλά και με υδροπλάνα, με την Κέρκυρα, τα Ιωάννινα, τη Λευκάδα, την Κεφαλονιά και την Πάτρα.
 
Με λεωφορείο, μπορείτε να φτάσετε στην Ηγουμενίτσα (τρία δρομολόγια την εβδομάδα το καλοκαίρι και δύο το χειμώνα) κι από εκεί να συνεχίσετε για τους Παξούς.